《跨地區(qū)經營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法》（國家稅務總局公告2012年*57號）*十條規(guī)定：匯總納稅企業(yè)匯算清繳時，由總機構匯總計算企業(yè)年度應納所得稅額，扣除總機構和各分支機構已預繳的稅款，計算出應繳應退稅款，按照規(guī)定的稅款分攤方法計算總機構和分支機構的企業(yè)所得稅應繳應退稅款，分別由總機構和分支機構就地辦理稅款繳庫或退庫。同時明確：涉及退稅時，也可經總、分機構同意后分別抵繳其下一年度應繳企業(yè)所得稅稅款。*十一條規(guī)定了總分支機構匯算清繳時應報送的申報表、財務報表及其他相關料。        

匯算清繳的主體仍然是總機構，分支機構并不需要進行年度納稅調整，自行計算應納稅所得額和應納稅額，只是根據(jù)總機構填報的分配表中應繳應退的稅款，就地申報補退稅。為了保證匯繳工作的順利進行，也需要分支機構填列年度納稅申報表，但只需要填列有限的幾項，與總機構的年度納稅申報完全是兩個概念。同時，為便利就地實施稅務檢查，也需要分支機構報送參與企業(yè)年度納稅調整情況的說明，該說明由總機構確認后提交，涉及需由總機構統(tǒng)一計算調整的項目不進行說明。

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